As dunas, que ocorrem predominantemente a norte da Ribeira dos Moinhos e a sul da Ribeira da Junqueira, constituem ecossistemas muito sensíveis à ação humana. O uso imoderado ou inadequado acarreta a destruição da vegetação e provoca a sua instabilização, com o perigo de avanço e destruição das terras de cultura ou matas adjacentes.

A vegetação que ocorre nas dunas, além do papel estabilizador que desempenha, tem elevado interesse científico. Nas zonas húmidas ou periodicamente encharcadas das areias dunares na zona da Lagoa da Sancha, ocorre uma planta - ionopsidium acaule - endémica de Portugal e que só existe numa área restrita do litoral.

As dunas consolidadas possuem também interesse científico do ponto de vista geológico e geomorfológico.