Embora não tanto quanto no período romano, a Ilha do Pessegueiro manteve algum interesse portuário até à Idade Moderna.

O sonho portuário de Filipe I

No final do século XVI há o projeto de um grande porto artificial na ilha. Comandado por Filipe Terzi, ao serviço de Filipe I de Portugal, previa que o movimento do futuro porto motivasse a construção de uma cidade naquela arriba.

Problemas na construção do paredão e o estorvo constante dos corsários ingleses provocaram o abandono da obra, de que ainda se podem ver marcas (grandes cubos de pedra) na Ilha (ver foto).

Fundação por Jacinto Bandeira

Na última década do século XVIII, o ancoradouro natural volta a motivar interesse.

Jacinto Bandeira, membro da burguesia mercantil, funda Porto Covo no pressuposto de ali vir a serem construídos um grande porto de pesca e outro de comércio.

Na segunda metade do século XIX, as pirites exploradas nos sítios de Pias e Moinho dos Paneiros (Sines) e o minério do Cercal são escoados pelo pequeno porto da ilha. O minério chega em carros de bois e, através de um pontão, é transportado para barcos que o levam a navios fundeados na ilha. Junto à foz do ribeiro do Pessegueiro ficou abandonada uma acumulação de minério.